1882年，孙中山从意奥兰尼学校毕业后，到孙眉经营的商店协理店务一段时间。同年，孙中山进入火奴鲁鲁奥阿厚书院继续读书。孙中山曾自述，从意奥兰尼学校毕业后，“再入美人所设之书院肄业，此为岛中最高之书院。初拟在此满业，即往美国入大书院，肄习专门之学”。

孙中山在校读书时，穿着中国式的服装，并梳着一根辫子。对那些恶意欺弄他的年龄较大的同学，孙中山就奋起自卫，狠狠教训他们，使其不敢再欺弄他。常有和孙中山友善的外国人问他：“你为什么不把你的发辫剪掉呢？”孙中山回答：“我们剪辫最后的目的，应该大家联合起来，等到全体的中国人都可剪辫时，才把辫剪掉。若是一个一个的把发辫剪下，是不相宜的。这种愚蠢的风俗，是满洲人强着我们做成的，必须等全体的中国人决心把它去掉，或者至少要有一个大多数，使全世界都知道才行。并且这发辫不过是中国所受许多耻辱中的一种，我们应该立刻的把许多耻辱全体去掉的。”

在意奥兰尼学校和奥阿厚书院里，宗教教育都占据着重要地位。孙中山受到基督教教义很大影响，意奥兰尼学校当时的校长韦礼士主教和他的夫人，都很关怀孙中山，曾邀孙同桌共餐，亲自讲授圣经。