为了组织武力讨袁，孙中山亲赴港澳，约陈炯明、胡汉民在军舰上会谈，促使陈炯明同意湘、赣、皖、粤四省独立。随后，孙中山会见李烈钧商议讨袁。

7月12日，李烈钧在湖口发表讨袁通电，宣布独立，“二次革命”正式开始。江西、安徽、广东、福建先后宣布独立，响应李烈钧的讨袁军。7月22日，孙中山在上海发表宣言：“袁氏专为私谋，倒行不已，以致东南人民荷戈而逐……全体国民一致主张，令袁氏辞职，以息战祸。”同日，上海讨袁军向制造局的北洋军发起进攻，但多次进攻未下，遂告失败。

其后，虽湖南、四川、江苏又宣布独立，但各地讨袁相继失利，宣布独立的各省又纷纷宣布取消独立。经过两个月的战争，南方的讨袁军事力量几乎被摧垮。

反袁武装起义的发难过程比较仓促，且独立的地区偏于东南一隅，加上各省内部情况复杂，普遍缺乏战斗力和坚持性，斗争未能形成巨大声势。在袁世凯军事、政治的压力下，只有熊克武领导的重庆独立持续到9月12日。这个日期，也成为“二次革命”的终点。