1913年3月20日晚，改组后的国民党理事长宋教仁在上海车站遭人枪击，两天后气绝身亡，年仅31岁。袁世凯于案发后饬令缉凶，同时在报纸上造谣是革命党人陈其美所为。陈其美黄兴、于右任等悬赏在公共租界缉凶，捕获了凶犯武士英，搜出了袁世凯密谋刺杀宋教仁的电函等证据。

案发后，对如何应对此事，革命党内部产生了分歧。孙中山主张“讨袁”，他认为“宋案的发生，是袁世凯阴谋消灭国民党革命势力以便帝制自为，全党同志为此极为悲愤，必须乘机立即调集各省兵力，一致声罪致讨。”但黄兴则认为“袁世凯帝制自为的逆迹尚未昭著，南方的革命军，又甫经裁汰，必须加以整备，才能作战；民国已成立，法律非无效力，对此问题宜持以冷静态度，而待正当之解决。”

“宋案”后，袁世凯和革命党人之间已是水火不容。