1887年，香港西医书院（今香港大学医学院前身）创立，孙中山即前往投考，并被录取入学。转学该院的目的，他自述道：“子在广州学医甫一年，闻香港有英文医校开设，予以其学课较优，而地较自由，可以鼓吹革命，故投香港学校肄业。”

1889年9月24日，香港《德臣西报》刊登有关香港西医书院专载，发表本年各科考试题目及学生考试成绩。孙中山名列前茅，这是他的名字第一次在香港报纸上出现。

1892年7月23日，香港西医书院举行首届毕业典礼，孙中山医学、产科、卫生与公共健康学均获第一名。教务长康德黎为首届毕业生在香港太平山顶的柯士甸山酒店举行晚宴，孙中山担任最后祝酒及致答谢词，获得与会者热烈鼓掌回应。

综观孙中山的五年求学经历，由于成绩时常名列前茅，先后获得屈臣氏奖学金、植物学奖、化学奖及临床诊察等奖项，毕业时也取得了极优成绩。
孙中山在香港西医书院学习期间，除致力医学专业外，还进行广泛的课外学习。他对中国地理饶有兴趣，课余常专心研究中国舆地。又深以为中国立国，与农业发展关系巨大，故于学医时特别留意农学，好读与农学有关的书籍。他撰写的农学论文，登载于教会报与上海《万国公报》。他还研究国际法、军事学、海军建设、各种财政学、国政、各种派别的政治学。

该校老师对孙中山革命思想的形成影响甚大。书院创始人何启大概是孙中山所接触到的、企图以西方的标准和方式来使中国现代化的第一人。教务长康德黎是伦敦著名外科医生，对孙中山特加青睐，认为孙品质文雅、勤奋求学，不论在学校或私人生活都表现如绅士般的仪态。