1907年2月，孙中山与黄兴因国旗设计图案问题发生争执，公开暴露出同盟会的内部分歧。孙中山主张用陆皓东设制的第一次广州起义的青天白日旗，黄兴主张用井字旗，认为井田象征社会主义，孙中山认为井字旗既不美观，又有复古的意识。多数党人同意孙中山的建议，黄兴争之不得。事后，黄兴对宋教仁谈及此事时表示“欲退会，断绝关系”。宋教仁认为国旗图案之争犹是小问题，黄兴怒争不过是对孙中山不满而借题发挥。宋教仁向孙中山正式提出辞职，孙予以挽留，宋坚持辞职，后去辽东单独活动。结果一场国旗图案之争，竟然导致同盟会高层领导的分裂。宋教仁、章太炎也因此事对孙中山始终耿耿于怀。