1905年6月，孙中山结束了一年半的欧美之行，从法国前往日本，他此行目的十分明确，就是要联络革命志士，组建一个革命大团体。
为了使更多的留学生了解孙中山的革命主张，以扩大其在留日学生中的影响，为同盟会的正式成立做好准备，黄兴、宋教仁等人发起并组织了留日学生欢迎孙中山大会。在会上，孙中山的演说以强烈的民族主义精神和坚定的革命信念，充分表达了中国人民争取祖国的独立、民族和富强的强烈愿望，极大地鼓舞了在场的广大听众。

1905年8月20日，中国同盟会正式成立大会在东京赤坂区灵南坂日本人坂本金弥寓所举行，到会者百余人。下午二时，成立大会宣布开始，黄兴代表起草员宣读章程草案共三十条，经过讨论修改后一致通过。黄兴提议选举孙中山为同盟会总理，全体赞成。正式通过的章程规定以“驱除鞑虏，恢复中华，创立民国，平均地权”十六字纲领为宗旨，章程遵循三权分立的原则，规定在总理之下设执行、议事（评议）、司法三部。首任庶务总干事为黄兴，他协助孙中山筹划一切，主持本部工作。