在争取与改良派合作时，孙中山并没有停止革命活动，并且在十分艰难的情况下，坚持开展第二次反清武装起义的准备工作。促使其最终确定起义的事件，还与中国北方的义和团运动密切相关。义和团运动由来已久，到1900年春夏之交，这一运动迅速地走向高潮，并且产生了极大的影响。孙中山敏锐地觉察到起义的时机已经临近。

1900年8月22日，孙中山自横滨赴上海，计划先由江苏、广东、广西等南方六省宣布独立，全国响应，推翻清朝。10月6日，郑士良在惠州发动起义，孙中山在台湾筹备饷械，并准备内渡。10月22日，起义军遭清军围攻，粮饷受困，宣布解散。

惠州起义的失败和兴中会的力量还是相当薄弱不无关联，他们并未建立一支听从革命党人指挥的可靠武装，并且对帝国主义抱有不切实际的幻想。起义虽然失败了，它也产生了十分积极的影响。越来越多的反清志士聚集在武装革命的旗帜下，促进了更多有识之士的觉醒。