1908年秋，不论是同盟会东京本部，还是南洋支部都遇到了极大的经济  困难。就在此时，陶成章从东京到南洋募捐筹款，使同盟会内部的矛盾再一次激化起来。1908年9月，陶成章带着章太炎所印的《民报》股票数百张前往南洋募捐筹款。处境本就艰难的孙中山无法满足陶的要求，陶成章又要求孙中山写信介绍他赴各埠筹款，而筹款之行却又收效甚微，便怀疑孙中山从中作梗，决计重新打出光复会的旗帜。

1909年初，陶成章到爪哇泗水，成立了光复会，南洋各地分会亦相继成立，公开与同盟会分庭对抗。9月，陶成章与李燮和等人起草了一份《孙文罪状传单》，再次掀起倒孙风潮。《孙文罪状传单》纯系不实之词，遭到黄兴、谭人凤、刘揆一等人的坚决拒绝。陶、章等攻击之际，孙中山正在伦敦。10月22日，孙中山致函在布鲁塞尔的同盟会员王子匡，表示对此极为痛心。

陶成章图谋倒孙的计划失败以后，自然走上与同盟会分裂的道路，于1910年2月，在东京重建光复会总部。重建后的光复会反对孙中山的武装起义，但他确也看到了同盟会缺乏统一革命方略的严重缺陷。同盟会作为一个全国性的革命政党，要取得革命的成功，还必须克服原有革命小团体的地域主义和分散主义，制定一个目标统一、步调一致的革命方略。