1907年，日本政府应清政府之请，驱逐孙中山出境；因考虑过于压制中国革命党人将对日本扩大在华势力有所不利，便劝孙自动离境并赠送旅费。孙中山从赠款中拿出1000元作告别宴会用，另留2000元作同盟会机关报《民报》费用，然后携余款离开日本转赴南洋。章太炎因《民报》经费困难而嫌留下的费用太少，后又得知孙接受了日本政府赠款，便与同盟会主要骨干张继、刘师培、谭人凤、田桐等人大起非议，指责孙中山被日本政府收买。章太炎甚至愤怒地将挂在民报社的孙中山像撕下，批上“卖民报之孙文应即撤去”几字，他以为孙中山当时还在香港，便将相片与批语一同寄往香港。

6月，孙中山策划黄冈起义和七女湖起义失败的消息传到东京，章太炎、张继等人本对孙中山带走经费心怀怨气，便催迫以庶务代行总理职务的刘揆一召开大会，要求罢免孙中山，改选黄兴为总理。鉴于事态的严重，刘揆一急忙函告黄兴，又致书冯自由、胡汉民，“请劝孙总理向东京本部引咎”。孙中山复函说：“党内纠纷，惟事实足以解决，无引咎之理由可言。”黄兴亦复函希望党人以大局为重，维护孙中山的威信。

同月，孙中山从日本秘密购回一批村田式快枪，购枪之事被章太炎以及从辽东返日的宋教仁闻知后，又再起波澜。章太炎竟使用明码将此事电告香港《中国日报》。孙中山等认为明码电告等于是泄漏军事机密，非常恼火，便让胡汉民写信至同盟会本部谴责，“且言当执行党中纪律”。不久，又禁止章太炎、宋教仁以后干预军事问题。

章太炎和孙中山的矛盾除了人事纠纷外，也与两人的观念和性格有关。

最后经黄兴、刘揆一的努力调解，一场倒孙风潮暂归平息，但造成了组织涣散的严重后果，此后，孙中山不太愿意过问同盟会本部的工作，同盟会组织更趋涣散。